La ciudad de Manaus fue fundada por los portugueses en el siglo XVII con el objetivo estratégico de colonizar la zona amazónica.

La primera construcción en la historia de Manaus fue el Fuerte de São José da Barra do Rio Negro, ideada por Francisco da Mota Falcão y edificada con el apoyo de tribus indígenas que habitaban los alrededores como la Banibas, Barés, Passés y en mayor número la Manaos, esta última es la que da origen al nombre actual de la ciudad.
Este fuerte fue inaugurado en el año 1669, fecha que se utiliza para conmemorar el nacimiento de Manaus y posteriormente en el año 1695 se construye la capilla llamada Nuestra Señora de la Concepción con el propósito de evangelizar a la gran comunidad indígena de la región.

En el año 1755 la Capitanía de San José del Río Negro pasa a ubicarse en Mariuá, zona donde actualmente se encuentra el municipio de Barcelos pero finalmente en 1808 retorna definitivamente a su ubicación original, obteniendo el nombre de ciudad de Manaus el día 4 de septiembre de 1856.

Entre los años 1890 y 1920 Manaus experimentó un auge económico gracias a la explotación del árbol del caucho (seringueira).
Los grandes comerciantes disfrutaban de sus mansiones y la ciudad gozaba de privilegios únicos para la época como alumbrado público, alcantarillado, tranvías y lujosos edificios como el Teatro Amazonas o el Palacio de Gobierno, pero con el final de la fiebre del caucho Manaus tuvo que adaptarse buscando nuevas fuentes de ingreso y migró hacia un modelo de zona franca.